El padre confió su hijo a Don Bosco, llevándolo a Valdocco (Turñin) el 1 de octubre de 1887, cuatro meses antes de la muerte del fundador de los salesianos, pero el conocimiento que Luis tuvo de él fue suficiente y lo marcó para toda su vida.
Pidió ser salesiano y entró en el noviciado el 17 de agosto de 1891. Variara hizo sus estudios de Filosofía en Valsalice, donde conoció a Don Andrea Baltrami, declarado venerable en 1966.

El 2 de octubre de 1892 profesó como salesiano.

En 1894 conoce a Don Miguel Unia, el celebre misionero que había comenzado desde hacía poco a trabajar en Colombia entre los leprosos de Agua de Dios. “Cuál no sería mi estupor y mi alegría –cuenta él mismo Variara– cuando, entre los 188 compañeros que tenían la misma aspiración, fijando la mirada sobre mí, dijo: Este es mío”.

Con 19 años, el joven Variara llegó a Agua de Dios el 6 de agosto de 1894. El leprosario tenía 2.000 habitantes, de los cuales ochocientos eran leprosos.

Se sumergió totalmente en su misión. Comenzó organizando una banda musical y el oratorio festivo. La inauguración se hizo en presencia del presidente colombiano que vio, conmovido, a “la ciudad del dolor” animarse por primera vez por un inesperado clima de fiesta.

Fue ordenado sacerdote a los 23 años, en Bogotá, el 24 de abril de 1898. Se reveló muy pronto como un óptimo director espiritual. 

Había surgido en Agua de Dios, junto a las Religiosas de la Providencia, la Asociación de las Hijas de María, un grupo de doscientas jóvenes. Variara era el confesor. No tardó en individualizar en el grupo algunas llamadas a la vida religiosa. Pero era un sueño irrealizable: ninguna congregación habría aceptado una hija de leprosos y tanto menos una enferma de lepra.

De esta real imposibilidad nace el audaz proyecto -cosa única en la Iglesia- de un instituto que acepta también a las enfermas de lepra. Nace así, el 7 de mayo de 1903, la Congregación de los Sagrados Corazones de Jesús y María.

Se sentía cada vez más entusiasta con su misión. Un día pareció que también él estuviera enfermo de lepra. Al saberlo, se limitó a decir: “Todo viene de Dios y todo vuelve a Dios”.

Murió el 1 de febrero de 1923, a los 48 años, lejos de sus amados enfermos. Sus restos reposan en Agua de Dios, en la capilla de las Hijas de los Sagrados Corazones de Jesús y María.

Su memoria se celebra el 15 de enero.

En 1975 fue fundado el Movimiento Secular Padre Luis Variara, experiencia del carisma salesiano en el servicio a los niños, jóvenes y enfermos en las Iglesias locales.